Отдел в соответствии с возложенными на него задачами осуществляет следующие функции:
участвует в разработке и внесении в Кабинет Министров Республики Татарстан на рассмотрение проектов законов и иных нормативных правовых актов Республики Татарстан по вопросам контроля (надзора) за охраной и использованием водных объектов в пределах своей компетенции;
участвует в подготовке предложений к проектам программ по использованию и охране водных объектов или их частей, расположенных на территории Республики Татарстан;
осуществляет мероприятия в рамках исполнения переданных полномочий Российской Федерации в области водных отношений (в соответствии со ст.26 Водного кодекса) по определению местоположения береговой линии (границы водного объекта), границ водоохранных зон и прибрежных защитных полос водных объектов, расположенных на территории Республики Татарстан;
принимает участие в осуществлении мер по предотвращению негативного воздействия вод в отношении водных объектов, находящихся в федеральной собственности и полностью расположенных на территории Республики Татарстан, в пределах представленных полномочий;
осуществляет методическое сопровождение мероприятий по соблюдению режима использования береговой полосы, специального режима осуществления хозяйственной и иной деятельности в границах водоохранных зон и прибрежных защитных полос водных объектов;
осуществляет мероприятия по установлению зон затопления и подтопления водных объектов на территории населенных пунктов Республики Татарстан;
рассматривает обращения о расположении земельных участков относительно акватории, границ зон с особыми условиями использования территории и береговой полосы водных объектов;
участвует в подготовке материалов к заседаниям бассейновых советов Нижневолжского, Камского и Верхневолжского бассейновых округов;
участвует в подготовке материалов к судебным заседаниям по вопросам охраны водных объектов;
обеспечивает координацию и методическое руководство территориальных управлений и других подразделений Министерства в сфере изучения, охраны, рационального использования водных объектов;
участвует в организации системы экологического воспитания, образования и просвещения, способствует работе по пропаганде знаний об охране водных объектов и их рациональному использованию, воспитанию у населения бережного отношения к водным ресурсам, сотрудничает с общественными организациями и гражданами, участвующими в природоохранной деятельности, оказывает им всемерное содействие в реализации их прав и обязанностей;
готовит соответствующие разделы ежегодного Государственного доклада «О состоянии природных ресурсов и об охране окружающей среды Республики Татарстан»; «О состоянии и об охране окружающей среды Российской Федерации» в части освещения вопросов охраны и рационального использования водных ресурсов и тенденциях изменения водных объектов Республики Татарстан;
рассматривает представляемые на согласование в Министерство проекты нормативных правовых актов Российской Федерации, субъектов Российской Федерации и Республики Татарстан, программы и иные документы с подготовкой соответствующих заключений по ним в части охраны водных объектов и их рационального использования;
осуществляет иные не противоречащие законодательствам Российской Федерации и Республики Татарстан действия по охране водных объектов в пределах своей компетенции;
предоставляет государственную услугу по согласованию планов снижения сбросов в централизованные системы водоотведения.